2. กลุ่มงานวิจัยการเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง
     วิจัยเทคนิคการเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งชนิดต่างๆทั้งที่มีกระดูกสันหลังและไม่มีกระดูกสันหลัง รวมทั้งสาหร่ายและพันธุ์ไม้น้ำที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจและสำคัญต่อระบบนิเวศน์ เพื่อให้ได้ผลิตผลสูงและลดต้นทุน วิจัยเทคนิคการเลี้ยงในบ่อดิน กระชัง และในทะเล ตั้งแต่ระยะวัยรุ่นจนถึงขนาดตลาด วิธีการเลี้ยงแบบผสมผสาน และการศึกษาวิศวกรรมการเลี้ยงโดยใช้เทคโนโลยีชีวภาพและเทคโนโลยีชั้นสูง เพื่อให้มีสัตว์น้ำเพียงพอต่อการบริโภคภายในประเทศและส่งออกตลอดจนการอนุรักษ์

3. กลุ่มงานวิจัยระบบและการจัดการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง
     วิจัยระบบการจัดการการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งในแหล่งน้ำธรรมชาติ ในบ่อเลี้ยงในระบบน้ำหมุนเวียน ฯลฯ ประเมินศักยภาพของแหล่งเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเพื่อจำแนกพื้นที่ที่สำหรับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำแต่ละชนิด เฝ้าระวังติดตามตรวจสอบแหล่งเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง ประดิษฐ์คิดค้นนวัตกรรม ออกแบบบ่อกระชังเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง กำหนดมาตรฐานฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง ออกแบบระบบบำบัดน้ำและกำจัดของเสียจากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งเพื่อลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม